Αρμόδιο όργανο για την εφαρμογή της Σύμβασης CITES, περί εμπορίου αυτοφυών ειδών, είναι οι Διευθύνσεις Δασών, τα Δασαρχεία (σε περιοχές που δεν υπάρχουν Φορείς Διαχείρισης) και οι Φορείς Διαχείρισης Προστατευόμενων Περιοχών. Επίσης οι τελωνειακές αρχές είναι υπεύθυνες για τα είδη της Σύμβασης CITES, όπως αναλύεται παρακάτω:
Το εμπόριο της αυτοφυούς χλωρίδας καθορίζεται από Διεθνή Συνθήκη CITES όπως εφαρμόζεται βάση του άρθρου 4 της ΚΥΑ 125188/246/22-01-2013 (ΦΕΚ 285/Β΄/13-02-2013) «Εµπορία των ειδών της άγριας πανίδας και της αυτοφυούς χλωρίδας» -που αντικατέστησε στο σύνολό της την προηγούµενη όµοιά της ΚΥΑ 99098/5881/16-10-2006 (ΦΕΚ 1570/Β΄/26-10-2006).
Η εφαρμογή της Σύµβασης CITES και των σχετικών µε αυτήν Κανονισµών (ΕΚ), έχει ανατεθεί στα αρµόδια διαχειριστικά όργανα CITES, τις δασικές και τελωνειακές αρχές του Κράτους. Με το άρθρο 20, παρ. 1, εδάφιο α του Ν. 3208/2003 (ΦΕΚ 303/Α΄/24-12-2003), συστήθηκε η Κεντρική Διαχειριστική Αρχή CITES, [ληφθέντων υπόψη του Προεδρικού ∆ιατάγµατος αριθ. 189/2009 (ΦΕΚ 221/Α΄/5-11-2009) και της ΚΥΑ 23111/31-5-2010 (ΦΕΚ 855/Β/18-6-2010)], τα αντικείµενα αρµοδιότητας της οποίας, µετά την έγκριση του νέου οργανισµού του Υπουργείου Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιµατικής Αλλαγής [Προεδρικό ∆ιάταγµα αριθ. 100 της 27 Αυγούστου 2014 (ΦΕΚ 167 Α΄)] περιήλθαν στο νεοϊδρυθέν Τµήµα ∆ιακίνησης και Εµπορίας ∆ασικών Προϊόντων και Ειδών CITES της νεοϊδρυθείσας ∆/νσης Προγραµµατισµού και ∆ασικής Πολιτικής (που στο εξής διαδραµατίζει τον ρόλο της Κεντρικής ∆ιαχειριστικής Αρχής CITES).
